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，卷数:15(1)无机化学:一份印度期刊
Sandeep Bansode
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在新发和再发病毒感染的时代，诊断及其相关领域在与疾病的斗争中发挥着重要作用。在产权范围内可获得的大量分子序列数据有可能在开发新型诊断工具方面做出重大贡献。这种研究的每一个先决条件之一是识别特征序列，即特定家族/属/生物体特有的一小段蛋白质/核苷酸序列。在支持序列同一性/相似性的蛋白质特征序列的产权存档资源中存在多个资源。然而，这些资源并没有考虑到包含在病毒诊断中发挥重要作用的分类信息。目前的研究是一项明确考虑分类信息的努力，从而得出病毒蛋白的属特异性特征序列。VirGen数据库为获取模式提供早期数据，例如多序列比对(multiple sequence alignment, MSA)。使用内部编写的perl脚本从MSA中提取模式。然后通过搜索NCBI非冗余蛋白序列数据库来确认这些模式，从而计算灵敏度和特异性。该验证需要真阳性和真阴性数据集。 The total number of物种使用Entrez查询从NCBI分类法数据库检索属于特定属的数据，产生真阳性数据集。除所讨论的蛋白序列外，任何来自属的蛋白序列都包含在真阴性数据集中。VirGen的262个蛋白中有125个属于19个科(RNA病毒)，它们都有明确的真阳性和假阳性序列。这些模式被发现是关键功能区域的一部分，包括活性位点和二聚化界面，当映射到它们各自的3D结构时(蛋白质数据库中的25个独特条目)。由此产生的独特的病毒特征序列/肽不仅可以用于检测测试和治疗，而且可以作为病毒疫苗的潜在靶点。
核衣壳(N)蛋白对基因组它存在于所有四种冠状病毒属中:α、β、γ和δ。根据生物信息学分析，冠状病毒N序列显示多肽核心有两个内在无序区(IDRs)。虽然在α、β和γ冠状病毒中都发现了这两种IDR结构，但德尔塔冠状病毒缺乏第二种IDR结构。目前归属于伽玛冠状病毒属的两种新型冠状病毒的第二个IDR结构在这方面表现为中间结构，具有a低无序概率。有趣的是，这两种冠状病毒是已知的唯一从海洋哺乳动物中分离出来的病毒，尤其是白鲸和宽吻海豚，这两个密切相关的物种;病毒的N蛋白几乎相似，只相差一个氨基酸。因为伽玛冠状病毒主要存在于鸟类中，这两种病毒保持系统发育的异常值。最后，无论在哪个冠状病毒属中发现，这两个idr都含有高Ser和Arg，这与它们的无序结构相对应。中心idr被认为在核衣壳蛋白的多任务活性中起关键作用，需要结构可塑性，并可能影响冠状病毒的宿主亲和性和跨物种传播。
