+ 44 7362 9920年04简短的沟通
数量:15 (8)氨基酸基因坐标是一个数据集成项目
Mikako Kizaki*
编辑部、生物化学:一个印度日报,印度
收到:2021年12月08日;接受:2021年12月11日;发表:2021年12月26日
引用:Kizaki m .氨基酸基因坐标是一个数据集成项目。印第安纳州j . 2021;15 (12):175。
文摘
我们如何解释genotype-aggregate协会将增加蛋白质组学、转录组,和遗传变异的解释信息。这种multi-omic考试并没有扩展到chemoproteomics,战略评估的天生的反应和可能的“druggability”亲核氨基酸腐蚀性侧链,在一定程度上因为困难与拟合数据集之间的计划。我们尝试规划技术接口半胱氨酸和赖氨酸存款被chemoproteomics基因组区域。信息库更新周期和依赖稳定的标识符,根据我们的发现,可以带来广泛误认标记的代谢产物。我们加入chemoproteomics信息与计算策略预见致病性遗传变异,这发现密码子的异常接受半胱氨酸是先进的遗传变化预期更多的恶意和允许我们识别和实际上描绘另一个伤害累积在半胱氨酸蛋白酶caspase-8。我们的发现显示构建的期望价值被忽视的机会致病性评估和进步疑似制药目的地的优先级,以及指导基地规划之间的更准确的信息。
文摘
我们如何解释genotype-aggregate协会将增加蛋白质组学、转录组,和遗传变异的解释信息。这种multi-omic考试并没有扩展到chemoproteomics,战略评估的天生的反应和可能的“druggability”亲核氨基酸腐蚀性侧链,在一定程度上因为困难与拟合数据集之间的计划。我们尝试规划技术接口半胱氨酸和赖氨酸存款被chemoproteomics基因组区域。信息库更新周期和依赖稳定的标识符,根据我们的发现,可以带来广泛误认标记的代谢产物。我们加入chemoproteomics信息与计算策略预见致病性遗传变异,这发现密码子的异常接受半胱氨酸是先进的遗传变化预期更多的恶意和允许我们识别和实际上描绘另一个伤害累积在半胱氨酸蛋白酶caspase-8。我们的发现显示构建的期望价值被忽视的机会致病性评估和进步疑似制药目的地的优先级,以及指导基地规划之间的更准确的信息。
关键词:氨基酸;亲核;致病性;蛋白酶;基因型;表型;druggability
介绍
妥协的蛋白质组学、转录组和与生俱来的各种澄清数据将削弱我们的升值genotype-total从属关系。Due, somewhat, to challenges related with careful between data base preparation, such multiomic concentrates on have not contacted chemo proteomics, a method that activities the intrinsic reactivity and potential "druggability" of nucleophilic amino destructive side chains. Here, we evaluated arranging ways of managing coordinate chemo proteomic-recognized cysteine and lysine stores with their inherited bearings. Our examination revealed that informational collection update cycles and reliance on stable identifiers can provoke unpreventable misidentification of checked stores [1]. Enabled by this evaluation of arranging systems, we then, joined our chemo蛋白质组学预测数据与计算技术继承了多种致病性,它显示密码子的惊人半胱氨酸反应升级为基因品种,预计更恶毒的,让我们为所有意图和目的识别和描述另一个伤害发展半胱氨酸蛋白酶caspase-8。我们的调查给出了一个手册更明确的数据准备和聚光灯基于之间看不见的蚕食的明智的力量的机会致病性分数和开车的假定的制药优先反对。这个问题的识别特定的氨基酸破坏性的等价物的功利主义性质的一个核心困难当前遗传特点:解读致病性大量的基因品种中发现一个孤独的的基因组。各种计算策略,例如,M-CAP,结合注释依赖损耗(CADD) PolyPhen,和筛选数据,发展维护,收集的先决条件,估计和其他实用的澄清给各种恶意的定量评估。甚至没有一个提示的初步数据,这些分数给排名估计基因品种的影响,尤其重要的全基因组测序联盟和思考的时间。过去固有的分类,很大一部分时间忽视限制,描绘了功利主义的氨基酸在蛋白质组学领域的破坏性的侧链反应,从而动摇依赖于开发的密切和3 - layer蛋白质微环境[2]。质量spectrometry-based化疗蛋白质组学技术一直在鼓励,可以分析成千上万的内在反应性氨基破坏性的侧链附近的自然系统。使用这些方法,经过评估,包括我们自己的,显示“hyper-open”或pKa-disturbed半胱氨酸和赖氨酸发展实用的口袋里。这些化疗蛋白质组学程序甚至可以联系检查“druggabilityLD乐动体育官网”氨基酸的targetability破坏性的侧链,它发现了一个惊人的数量的半胱氨酸和赖氨酸侧链可以以相似的方式被小处方粒子不可逆转地命名。大幅度缠绕的问题是,大部分的这些chemoproteomic-perceived氨基酸(CpDAA),无义的务实的影响改变或工程冲压保持黑暗。加入化疗蛋白质组学数据与genomic-based澄清倾向于一个吸引人的方法来管理描述CpDAA乐于助人和认识到适当的人类蛋白质污染相关的口袋的药用价值。在第一个关注的CpDAAs分离,我们首先概述如何测定数据基地,包括运输日期,和使用isoform-express,陷害或稳定的标识乐动体育在线符影响发展协调准备和数据融合的奉献[3]。然后,提前安排方法适用于解释CpDAA位置与假设继承各种致病性,对近来流传,后期交付氨基破坏性反应的化学蛋白质组学评估。我们的审计揭示关键错误的准备和提供的源泉主要标准multi-omics数据混合。我们喜欢的方式显示,大大打开半胱氨酸,包括那些提前感知认可CpDAAs后期,是天生的品种,有很高的预期改善致病性(高伤害),维护的效用有远见的分数额外的权力蛋白质组学数据集和使用化疗蛋白质组学添加另一层理解错义继承品种[4]。各种信息索引GRCh38,我们希望我们的披露将手册更精确的数据库之间的连接,将wide-running应用程序的蛋白质组学组织和天生的特征。
结论
我们的潜在推动实现承诺的multi-omic数据整合是开发一个全面计划的测试数据。为此,我们收集了无拘无束地可用的半胱氨酸和赖氨酸化疗蛋白质组学数据集,实现6510 CpD半胱氨酸的数量在4119年和9327年CpD赖氨酸认为重要的蛋白质。这15837 CpDAAs进一步sub-ordered由发展分开cysteine-or lysine-open测试(碘乙酰胺炔(IAA)或pentynoic破坏性sulfotetrafluorophenyl酯(STP),分别)和那些商店额外的常规反应(区段安排高、中速,low-responsive商店;数据集。作为我们的总体目标是描绘CpDAAs使用功能依赖于蛋白质的不同版本,记录,和DNA的行动,我们的最终阶段是鼓励的承诺的数据评估管道之间的分子间信息收集整理。协调我们的考试,我们最初提到建立这些数据的技术安排,包括ID安排开发安排,和发展密码子安排。
