摘要
用于非培养诊断的沙门氏菌基因靶点
作者(年代):马蒂亚斯•达德利沙门氏菌是一个多样化的属，在世界各地引起高负担的食物和水传播的胃肠炎。引物和探针中的单核苷酸多态性(SNPs)、indels和基因组重排会损害基于pcr的沙门氏菌培养无关诊断检测(CIDT)方法的敏感性和特异性，CIDT依赖于高度保守的基因目标引物和探针序列。本文论证了前瞻性获得的基因组数据对确定CIDT靶点的意义。使用了在澳大利亚收集并前瞻性测序的沙门氏菌分离株的基因组。为了确定核苷酸的差异性，系统地检测了三个沙门氏菌CIDT PCR基因靶点(tra, spaO和invA)的序列。不同血清型和MLST型的分析揭示了PCR基因靶点内和之间的差异，范围从。Roche LightMix使用的tra靶基因具有最低的平均差异，但是基因的熵表明它可能不是最稳定的CIDT靶基因。虽然用分子检测替代细菌培养的优点和缺点仍在争论中，但基因组监测数据的增加允许定期对CIDT靶点进行区域评估和确认，无论是针对常见的还是新的血清型。虽然使用分子检测而不是细菌培养的优点和缺点仍在争论中，但越来越多的基因组监测数据允许频繁的区域评估和针对常见和新的血清型的CIDT靶点的确认。
