简短的评论
，卷:3(1)DOI: 10.37532/tsmy.2021.3(1).111

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用于非培养诊断的沙门氏菌基因靶点

*通信:

Matthias Dudle，食品科学系，宾夕法尼亚州立大学，大学公园，美国宾夕法尼亚州电子邮件: (电子邮件保护)

摘要

沙门氏菌是一个多样化的属，在世界各地引起高负担的食物和水传播的胃肠炎。单核苷酸多态性引物和探针内的SNPs、indels和基因组重排会损害基于pcr的沙门氏菌非培养诊断检测(CIDT)方法的敏感性和特异性，CIDT依赖于高度保守的基因目标引物和探针序列。本文论证了前瞻性获得的基因组数据对确定CIDT靶点的意义。使用了在澳大利亚收集并前瞻性测序的沙门氏菌分离株的基因组。为了确定核苷酸的不相似性，对3个沙门氏菌CIDT序列进行了测序聚合酶链反应系统检测基因靶点(ttrA, spaO和invA)。不同血清型和MLST类型的分析显示了内部和之间的差异聚合酶链反应基因靶点从。Roche LightMix使用的tra靶基因具有最低的平均差异，但是基因的熵表明它可能不是最稳定的CIDT靶基因。虽然用分子检测替代细菌培养的优点和缺点仍在争论中，但基因组监测数据的增加允许定期对CIDT靶点进行区域评估和确认，无论是针对常见的还是新的血清型。虽然使用分子检测而不是细菌培养的优点和缺点仍在争论中，但越来越多的基因组监测数据允许频繁的区域评估和针对常见和新的血清型的CIDT靶点的确认。

简介

沙门氏菌是世界范围内引起食源性胃肠炎的最常见原因，具有高发病率、高死亡率和高经济成本。沙门氏菌是人畜共患生物的一个大属，有超过一百种血清。沙门氏菌血清和沙门氏菌邦戈里是两种主要的物种在沙门氏菌属。美国血清是最有害的细菌吗基因组既包含沙门氏菌致病性岛1和岛2 (SPI1和SPI2)[1]。Enterica(亚种I)， salamae(亚种II)， arizonae (IIIa)， diarizonae (IIIb)， houtenae (IV)， indica (V)是六个亚种美国血清(VI)。沙门氏菌血清肠道血清型伤寒菌亚种(STM)是非伤寒沙门氏菌(NTS)感染的最常见原因美国血清肠型血清型鼠伤寒亚种(STM)是许多国家食源性疫情的主要来源。其他血清病毒，包括一些澳大利亚特有的病毒，已被报道为NTS的致病因子。沙门氏菌型患病率各大洲差异很大。例如，在欧洲和北美，美国血清肠炎亚种(subspecies enterica serovar Enteritidis)是最常见的血清型，而在澳大利亚和新西兰以STM为主[2,3]。

食源性沙门氏菌具有如此严重的公共卫生、食品安全和贸易影响，因此需要一个非常敏感和专门的监测系统，以便及时发现和描述疫情。采用与培养无关的诊断检测(CIDT)作为前端检测方法沙门氏菌在粪便样本中，往往全部替代传统的培养方法沙门氏菌，给公众带来了许多问题健康实验室监测。目前所有CIDT平台都依赖于单一基因靶点来检测多种疾病，如沙门氏菌已经引起了人们对这些cidt检测不寻常血清或发展变异[5]的能力的严重关注。

参考文献

1. 1.Kirk MD, Pires SM, Black RE，等。世界健康22种食源性细菌、原生动物和病毒性疾病的全球和区域疾病负担的组织估计，2010:数据综合。公共科学图书馆医学杂志，12,e1001921 2015。
2. 2.塔斯马尼亚州密西西比沙门氏菌感染:澳大利亚本土动物和未经处理的饮用水的作用。流行病学，2016;134:1257-1265。
3. 3.艾弗森JB，布拉德肖SD，史密斯DW。人类的迁徙和沙门氏菌在现有和原始生态系统中的传播。微生物科学，2017;201-203。
4. 4.疾病控制和预防中心。国家肠道疾病监测:沙门氏菌年度报告，2016。
5. 5.欧洲联盟关于人畜共患病、人畜共患病病原体和食物的趋势和来源的摘要报告?2017年传播疫情。