文摘

2018年生物化学:属特定的病毒蛋白质模式

作者(年代):Sandeep Bansode

时代新出现和重新出现的病毒感染,诊断及其盟军领域发挥重要作用在对抗疾病。大量的分子序列数据在公共领域有潜力发展的贡献主要方式新颖的诊断工具。的一个额外津贴等的研究即是签名的识别序列。,小的蛋白质/核苷酸序列,是唯一的一个给定的家庭/属/生物。公共领域存在一些资源存档签名基于序列的蛋白质序列的身份/相似。然而,这些资源不考虑分类信息有一个重要的角色在病毒诊断。本研究旨在明确考虑到分类信息,从而获得genus-specific签名的病毒蛋白质序列。初步数据获取模式即、多序列比对(MSA)是获得用作数据库。一个内部开发的perl脚本用于推导MSA的模式。然后模式是验证了在NCBI针对冗余蛋白质序列数据库搜索,从而使计算的敏感性和特异性。 Such a validation requires datasets pertaining to true-positives and true-negatives. True-positive dataset is obtained from the taxonomy database at NCBI by formulating an Entrez query such that the total number of物种属于一个给定属检索。真阴性数据集组成的蛋白质序列属于属以外的问题。262蛋白质属于19科(RNA病毒)在初榨,模式可以检测到125个蛋白质,显然所有这些杰出的真阳性和假阳性序列。这些模式当映射到它们相应的三维结构(25项独特的蛋白质数据银行)被发现是重要的功能的一部分地区活性位点和二聚接口。独特的病毒签名序列/肽因此获得应用程序不仅在检测化验和治疗,也可以作为假定的目标病毒疫苗。