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识别合适的模式生物的人类还存在使用生物信息学方法的研究

*通信:

固定绞车可以喝友好生物技术研究所、友好大学、哈里亚纳邦,印度,电子邮件:jinny.tomar@gmail.com

文摘

还存在至关重要的细胞功能。理解人类还存在不同的功能模型生物可以考虑。还存在我们的研究表明,人类还存在刽子手,发起者和炎症还显示了不同水平的联系模型在研究生物。这项研究表明,人类还存在相关研究黑猩猩或家猫应该考虑基于序列相似性的程度。这清楚地表明,我们应该重新考虑在执行亩实验,因为它可能不会显示相同级别的协会,从而可能导致降低药物的疗效为人类和老鼠测试而设计的。

关键字

生物模型;人类还存在;生物信息学方法

缩写

Casp:半胱天冬酶;纤毛运动:程序性细胞死亡;d:死亡效应域;名片:半胱天冬酶招聘领域;FADD Fas相关死亡域;冰:il - 1β转化酶;APAF:细胞凋亡蛋白酶激活因子;需要:神经前体细胞表达发育;妇幼保健:Melanin-Concentrating激素受体;帽子:分解代谢物激活蛋白;FLICE: FADD-like IL-1beta-Converting酶;冰:LAP6(像冰一样的凋亡Protease6);PPP1R569:蛋白磷酸酶1调节亚基56;ALPS2:自身免疫性淋巴组织syndromes2;NCBI:国家中心生物技术信息;T-coffee:对齐基于树的一致性目标函数的评价;肌肉——多序列比较Log-Expectation;电力,电力系统网络中继器

介绍

还存在细胞内蛋白酶,引起细胞凋亡、炎症、坏死(1]。还都是半胱氨酸蛋白酶切割在特定的天冬氨酸残基的蛋白质(2]。

细胞凋亡

细胞凋亡或程序性细胞死亡(PCD)是一个自然发生的过程的身体细胞受损的有害的代理。细胞凋亡是重要的正常发展和组织内稳态,但是过多或过少细胞凋亡也会导致疾病。的家庭的半胱氨酸蛋白酶(还)是细胞程序性死亡的关键调解人。细胞凋亡在人生的各个阶段都是很重要的。例如,在胚胎发育期间细胞凋亡确保不良或过时的组织消失。这些生化事件起泡,导致细胞的变化和死亡细胞收缩,核分裂。

还存在的类型:还分为三组(图1)

1。引发剂半胱天冬酶

2。效应半胱天冬酶

3所示。炎症细胞凋亡蛋白酶

这些还包括死亡领域如下所示图1(3]。它由一个死域。

还存在引发剂(Casp2 Casp8、Casp9 Casp10):还存在哪些早就prodomain认为是上游启动程序还存在。Casp 8和10 prodomain内包含两个d域。同型的相互作用发生DEDs的Casp 8和10之间DEDs的适配器分子,FAS——将蛋白质与死亡域(FADD)诱导的招聘还存在死亡受体,导致半胱天冬酶激活。Casp 1、4、9、2由卡域。卡片还存在这些底牌适配器分子相互作用。还存在这些激活效应还存在。

引发剂还存在凋亡和炎症还包含prodomains超过100个氨基酸,而prodomains效应还存在通常不到30氨基酸。的短prodomains刽子手还不太可能调解蛋白质-蛋白质之间的关系。相反,他们似乎抑制半胱天冬酶激活(4]。引发剂还存在:casp2 casp8、casp9 casp10。还存在这些激活效应还存在。

由于细胞线粒体细胞色素c的释放压力和dATP面前,刺激细胞凋亡蛋白酶激活因子1 (Apaf1)导致apoptosome的形成。Apaf1 heptameric复杂,卡片,和atp酶域进一步激活活性半胱天冬酶9,从而提升者细胞凋亡(5]。

还存在效应:还存在3、6、7包含短prodomain和被称为下游还存在还存在由上游激活。当c端,小亚基的蛋白酶删除域被释放,然后,prodomain大亚基的蛋白酶。晶体学研究表明,活动还存在heterotetramers由两大单元和两个小单元(6]。刽子手的激活半胱天冬酶是由引发剂还存在。大、小亚基之间的乳沟让构象变化带来的两个活动网站刽子手半胱天冬酶二聚体在一起,创建一个功能成熟蛋白酶(7]。

还存在炎症(casp4 casp5、casp1 casp12):人类还存在炎症包括caspase-1 (il - 1β转化酶(ICE) 4 - 5,和-12年。的成熟的角色caspase-1 IL-1beta和地震响应中发挥着关键作用致病性感染以及炎症和自身免疫性疾病。如果还存在1,激活inflammasome通常被称为核苷酸绑定和寡聚化域(点头)-Leucine-Rich重复(NLR) [8,9]。还被称为另类的名字,一直在表1。

表1:人类还存在及其其他备用名称的列表。

人类还存在:还被归类的基地在细胞凋亡中的作用。(Casp 3、6、7、8和9在哺乳动物),炎症(casp1, 4、5、12)在人类和casp 1, 11日和12日在老鼠(10]。

生物模型

生物模型包括一组物种学习理解人类疾病(欢迎信任,人类基因组项目)(24]。模型生物很容易维护和在实验室设置和有特殊的繁殖实验的优势。模型生物体用于人类遗传性疾病的分析。酵母(酿酒)和其他模型生物殖民黏菌(Dictyostellium discoideum)已被用于研究功能代谢、细胞周期调节、膜定位甚至DNA修复。简单的无脊椎动物系统等果蝇,秀丽线虫是很好的模型来研究基因功能的协调行动作为常见的分子机器的组件如信号转导通路或一个复杂的物理相互作用的蛋白质。秀丽隐杆线虫也被广泛用于人类研究基因组40%同源。

人类疾病基因同源染色体与果蝇和显示75%的人类疾病相关基因结构与基因在果蝇和超过三分之一的人类基因是高度相关的果蝇(25]。

生物模型,如鼠标、斑马鱼、青蛙、鸡似乎显示某种程度上与人类系统的广义相对论。因此,他们可以用来执行实验了解病变,从而相关的治疗相同。

人类和黑猩猩共享重要的比赛在核苷酸水平的98%。人们已经发现,蛋白质编码基因表现出高度的相关性。基因比较不简单是由于基因重复和突变的性质(黑猩猩测序联盟)26]。黑猩猩有48条染色体,两个比人类。据认为,这是因为,在人类的祖先,两对染色体融合成一个单一的一对。

表2:还存在其他的列表模型生物。

方法

还存在的人类和不同模型生物进行了研究。在人类中,总共14还被发现。他们分为三个类别

1。引发剂还存在

2。刽子手还存在

3所示。炎症还存在

半胱天冬酶相关的特定的氨基酸和核苷酸序列的每一个模型生物体从NCBI检索(国家中心生物技术信息)。

我们已经进行序列比对来确定的模型生物共享还存在显著的相似性与人类和人类的半胱天冬酶受体,在这个过程中进化使用不同的软件包(电力系统网络中继器),T-coffee发展史fr和肌肉。不同的模型生物(背带吊裤带,Feliscatus Xenopuslaevis,天兔座curpaeums,牛,Daniorerio,亩,黑猩猩)

T-coffee对齐基于树的一致性目标函数的评价。T-coffee是由Notrdame出版社。伦敦国家医学研究所。T-coffee ANSI C编程语言开发的。这种方法是基于流行的进步的多重比对方法(39]。

进一步验证我们的结果,我们使用的软件由Log-Expectation肌肉多序列比较。它是由罗伯特·C埃德加出版社。该算法使用公里计算(包括快速距离估计是语法的核酸或氨基酸序列,可以用来识别某些地区生物分子像DNA一样(如基因预测或蛋白质),进步对齐使用新的配置文件函数,(日志期望分数表明敏感似然函数取决于它的参数),和细化使用树的依赖限制分区(40]。

为了有一个更好的理解,我们已经进行了系统发育分析使用PHYLOGENY.fr是由Dereeper et al。(法国CNRS)。phylogeny.fr平台自动执行同源序列的识别,其多重比对(肌肉),系统发育重建(PhyML),推断出树的图形表示形式(TreeDyn) [41]。系统网络中继器(权力)被用来执行系统发育分析记住分子钟的概念(42]。

结果

结果从bioinformatics-based生成软件的已编译的形式对人类还存在不同的表1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 (表3)。

表3:人类的半胱天冬酶还存在的匹配模型生物体所示T-COFFEE和肌肉。

理解的关系模型生物与人类还存在,我们试图研究他们祖先的关系;这些结果的软件已经包含在表4。

表4:系统发育分析结果总结在表格形式使用发展史。Fr和电力软件分别。

讨论

目前的研究还存在不同的相关相似之处模型生物和人类使用生物信息学的方法。这是通过识别氨基酸序列相似性水平然后执行系统协会,这可能直接具体模型生物适合特定的人类还存在。

显示在我们的研究中,还存在不同的刽子手,启动程序还存在,炎症还显示不同级别的协会模型生物体在研究不同动物模型研究了为了在市场上引入更好的药物。因此,进行了具体研究,这样水平的药物功效能改善。在这项研究中,尝试确定,尽管有不同模型生物广泛应用这些天,仍然没有一个模型研究还存在的所有的生物应该考虑。

我们的建议是人类还存在相关的有机体,完美模型生物是黑猩猩。系统发育分析工具表明相似的下一个级别是见过的Feliscatus,还存在的3、7、8和半胱天冬酶9。

它也观察到,炎症还可能采用了不同的进化路线。已经看到,人类的半胱天冬酶1显示了一个高水平的相似性牛和Lepuscurpaeums。这清楚地表明,我们应该重新考虑在执行实验亩骶,因为它可能不会显示相同级别的协会,从而可能导致降低药物的疗效为人类设计和测试鼠标。

结论

的意义细胞凋亡在神经退行性疾病、自身免疫性疾病、心血管疾病、和癌症被广泛承认。因此,识别关键分子的监管可以触发或抑制PCD是至关重要的。调查的分子机制细胞凋亡调节显示的有前途的治疗目标,可以利用药物发现和医学研究。任何化学/天然化合物作为药物靶标,交付,将受到考验模型有机体。这项研究增加的意义,因为它表明不同的人类还显示相对论和其他的变化模型还存在生物。本研究是一个跳板识别之间在分子水平上的差异模型生物考虑人类还存在相关的研究。因为它清楚地表明,人类还显示不同级别的相对论与不同模型生物,从而亩骶可能不被认为是,不是吗Feliscatus,牛,天兔座curpaeumsshows黑猩猩后显著的相似性。

我们的研究支持这个想法,半胱天冬酶抑制剂/增强剂可以作为有效的手段来控制某些疾病的治疗和类似的实验应在动物模型相似各自还存在和发生模型有机体。

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